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它只由一个细胞构成，是单细胞原生动物，雌雄同体。最常见的是尾草履虫。体长只有180至280微米。它和变形虫的寿命最短，以小时来计算，寿命时间为一昼夜左右。（大草履虫的寿命可达五昼夜以上。）因为它身体形状从平面角度看上去像一只倒放的草鞋底而叫做草履虫，观察它需要用显微镜才能观察仔细。

草履虫一般呈长圆筒形，前端钝圆，后端宽而略尖，形状似倒置的草鞋，因此得名。草履虫全身长满纵行排列的纤毛，纤毛和鞭毛的结构基本相同。虫体的表面为表膜，由3层膜组成，起到缓冲和保护作用，里面的细胞质分化为内质与外质。每一根纤毛从位于表膜下的一个基体发出来，整个表膜下的基体由纵横连接的小纤维连接成网，起到协调纤毛活动的作用。