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大脑内的疾病：由于MRI不产生伪影，在脑部肿瘤、脑血管病变、脑挫伤、颅内感染等的颅内疾病的诊断中，效果均优于CT。

脊髓和脊柱的疾病：如脊髓的炎症、外伤、椎间盘突出、胸椎和腰椎的肿瘤等。

乳腺疾病：包括乳腺增生，各种乳腺良恶性肿瘤等。

眼睛、鼻子、口腔等五官：对于眼睛鼻子等五官的外伤、炎症、肿瘤等，磁共振能够起到很好的检查效果。

骨关节疾病：各种骨关节的肿瘤、外伤、炎症等。