有机质是土壤养分的主要来源。有机质中含有作物生长所需的各种养分，可以直接或简接地为作物生长提供氮、磷、钾、钙、镁、硫和各种微量元素。特别是土壤中的氮，有95%以上氮素是以有机状态存在于土壤中的。

有机质能促进作物的生长发育。有机质中的胡敏酸，可以增强植物呼吸，提高细胞膜的渗透性，增强对营养物质的吸收。

有机质能促进土壤微生物的活动。土壤有机质供应土壤微生物所需的能量和养分，有利于微生物活动。