味道不同：胡椒味道鲜辣，主要祛除腥臊味。而花椒麻香，是川菜的必备调味品。

分类不同：花椒只有一种。而胡椒可以分为黑胡椒和白胡椒。

用途不同：胡椒一般是放在汤里，比方说羊肉汤、鱼汤等。花椒则主要用于烧烤，但是花椒的用途比较广泛，几乎可以用于任何菜。