二者主要有以下几点不同：

　　【1】使用范围不同。灵活就业医保可以挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。而新农合目前多个城市只有住院才可以报销，少数看病就诊也可以报销。相对而言。灵活就业医保使用范围更广一些。

　　【2】报销比例不同。灵活就业医保报销比例普遍比新农合比例高一些。一般情况下，灵活就业医保报销70%-90%，而新农合报销50%-70%。

　　【3】报销的标准不同。新农合报销起付线、封顶线都比较低，而灵活就业医保报销的起付线比较高，相对新农合而言缴费标准高一些但是报销额度也大一些。

　　灵活就业人员交医保还是交新农合要分具体的情况来看。新农合以及灵活就业医保在不同地区能够报销的比例也是不同的。比如说，在乡镇医院治疗的话，新农合报销比例会更好一些。而在市级医院以上的医院就医，灵活就业医保报销的比例更高一些。因此，如果劳动者日常看病就医多以乡镇医院为主，可以选择新农合。但是如果是在市级以上医院，建议灵活就业交医保更好一些。此外，灵活就业社保当中是有个人账户的，可以用于在定点药店买药或者是买一些医疗器材，且累计缴费满25年后还可以享受终身灵活就业医保待遇。