花之所以呈现五颜六色，主要是由花中的色素决定的。这些色素包括类胡萝卜素和花青素。类胡萝卜素使花瓣呈现出黄色或橙色，而花青素则使花瓣呈现出红色、蓝色或紫色。花瓣的颜色深浅与花瓣中色素的含量有关。此外，有的花的颜色多变，那是因为在一天的早中晚间，花瓣的细胞液的碱度不一样而引起的。

五颜六色的花一般都是需要动物(昆虫、鸟类、哺乳动物)协助传粉，所以在自然进化过程中，不同植物为了适应环境以及繁殖需要分化出不同颜色用来吸引对应的动物帮忙授粉，久而久之基因得以固定，所以五颜六色的花就出现了。

花青素是造成花儿色泽最主要的色素，它分布在细胞的液泡内，控制花的粉红色、红色、紫色及蓝色等颜色变化。花青素在不同的环境下，会形成不同的颜色。比如在酸性溶液中，它呈现红色，酸性愈强，颜色愈红；在碱性溶液中，它呈现蓝色，碱性较强，会成为蓝黑色；而当它处于中性环境的时候，则是紫色。

类胡萝卜素是一种不溶于水的色素，可使花朵的颜色呈现黄、橙、红之间的变化。不同种类的类胡萝卜素能使花显出黄色、橙黄色、橙红色等。

除了以上的色素外，影响颜色的色素还有很多，比如水、光、通风情况、土壤这些因素介入，整个系统影响之下，也会对颜色产生影响。因此，花朵内的色素对花色的形成起了关键性的作用，不过，色素并不是影响花色的唯一因素。生态因子如光照、温度、湿度、土壤养分含量也会影响花色。