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夫妻离婚，争议最大的就是房产或财产的分割了，那么如果房产证登记男方1%女方99%，离婚时按份分割还是均分呢？既然有登记了那么就是有法律效应的，所以应该按照登记的协议来分割。

2011年2月，张三与李四登记结婚。一年后，这对夫妇在北京某区购买了一套93平方米的商品房。购房首付后还房贷的钱主要来自张三的工资收入、向父母借款以及自己的婚前收入。张三占有份额99%，李四占有份额1%。2020年，两人感情破裂，双方在离婚过程中对该房屋如何分割产生争议。

2014年3月，该房收房时，两人在开发商处签订声明：该房产为夫妻按份共有，其中张三占99%，李四占1%。2019年6月17日，两人还在不动产登记中心签署了《声明书》，规定张三占99%，李四占1%。法院裁定该案经过一审、二审、再审、抗诉，发回重审。最终，法院判决本案房屋按照约定份额进行分割，张三占有份额99%，李四占有份额1%。