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据测序基因型推测，此次疫情源头很可能是越南。测序结果显示，本轮疫情毒株分型为Omicron的BA.5毒株，具体来说是BA.3，这也是国内首次发现这种毒株。

从目前的溯源和测序结果来看，此次三亚疫情并不是国内疫情地区输入，而是境外输入。根据发布会的信息显示，疫情的源头推测为当地渔民与境外渔民在海上交易时被感染，据测序基因型推测，此次疫情源头很可能是越南。海南渔民与境外渔民交易后回到崖州中心渔港，而渔港往三亚大量供货导致疫情扩散到三亚的游客群体，进而造成迅速传播。

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