公积金扣款时，余额不足当天是可以进行补扣的。当余额不足的时候，个人补上余额是可以进行第二次扣款的，最好是在还款日当天进行补齐。需要注意，在进行还款时，一定要注意时间，一旦逾期还款就会影响个人信用。