交割标准不同。豆一合约的交割标准是非转基因大豆，豆二则包含全球各地的大豆，包括转基因和非转基因的。

标准不同。黄大豆1号合约采用的是以现行大豆国家标准为蓝本、以纯粮率为核心定等指标的食用大豆指标体系；黄大豆2号合约采用的是以油脂用大豆国家标准为蓝本、以粗脂肪含量为核心定等指标的榨油用大豆指标体系。

可交割品范围不同。黄大豆1号合约只允许非转基因大豆参与交割；黄大豆2号期货合约允许转基因大豆和非转基因大豆参与交割。

合约定价和交割包装方式不同。在合约定价上，黄大豆1号合约价格将包装物计算在内，因此黄大豆2号合约采用散装和袋装并行的方式，兼顾进口与国产大豆流通的不同包装方式，而黄大豆1号合约则只采用袋装的包装方式，与国产大豆现货流通的袋装方式相吻合。