助学贷款支付宝不会自动扣款。助学贷款是没有自动扣款的，系统只会通过短信告知用户还款，还款过程需要借款人自己进行操作。可以登录支付宝App，然后选择【助学贷款还款】，输入相关信息就可以完成还款。