花呗分期付款商家收到的是全款的。

如果收款方是商家并且开通了花呗收款功能，商家收到的是全款，但是会扣除相应手续费。花呗分期仅会向买家或商家一方收取手续费，不会向双方同时收取，当选择分期付款时，若商家愿意承担费用，则按商家设置的费率收取。