公积金里有钱却扣银行卡里面的资金很大的原因是由于个人公积金账户里面的余额不足，不足以完全抵扣该次房贷扣款，因此系统就会自动选择从银行卡进行扣款。还有一种情况则是用户公积金账户的资金没有转入到还款账户中去，导致无法扣款。