建行公积金扣款会二次补扣的。

如果建行公积金第一次扣款失败的情况下，建行系统会在第二天再次进行补扣的，但是需要注意的是，第一次扣款失败后，应该立即将欠款金额存入还款账户中，如果没有存入还款账户，第二次扣款还会是失败的。